Томск - старейший за Уралом образовательный и научный центр России. На протяжении столетия здесь сформировался уникальный научно-образовательный и научно-технологический комплекс, который нередко называют Сибирскими Афинами. В Томске функционируют несколько  государственных высших учебных заведений - классический университет, политехнический университет, томский университет автоматизированных систем управления и радиоэлектроники, педагогический университет, архитектурно-строительная академия, Сибирский медицинский университет, Высшее командное училище связи, а также негосударственный Высший экономико-юридический колледж. В вузах и средних специальных учебных заведениях обучается около 60 тысяч студентов (с учетом заочных и вечерних отделений). В Томск приезжают студенты из Узбекистана, Киргизии, Украины и других стран СНГ, государств Ближнего Востока и Азиатско-Тихоокеанского региона.

   По концентрации научных сотрудников высшей квалификации Томск занимает первое место в России. Исследовательский потенциал представляют 47 научных учреждений. Из них 11 НИИ работают в составе вузов Томска. Например, Сибирский физико-технический институт, НИИ прикладной математики и механики, НИИ биологии и биофизики - при государственном университете; НИИ ядерной физики, НИИ высоких напряжений, НИИ электронной интроскопии - при политехническом университете; НИИ автоматики и электромеханики - при университете систем управления и электроники. В составе Томского научного центра Сибирского отделения РАН - 9 научно-исследовательских и конструкторско-технологических институтов, в том числе Институт оптики атмосферы, Институт химии нефти, Институт сильноточной электроники, Институт физики прочности и материало-ведения, Институт экологии природных комплексов и др.

   К основным научным направлениям, которые разрабатывают томские ученые, относят теоретическую и экспериментальную физику, физику плазмы, физику высоких энергий, самораспространяющийся высокотемпературный синтез, компьютерное моделирование новых материалов и технологий, мезомеханику, структурную макрокинетику, биотехнологию, кибернетику, методы неразрушающего контроля, точное приборостроение, экологический мониторинг и др.

   Всеобщее признание получили работы в сфере гуманитарных наук - философии, права, истории, филологии, этнографии, языкознания. Успешно развивается Томский научный центр Российской академии медицинских наук. Он включает в себя 5 научно-исследовательских институтов, которые ведут работы в области кардиологии, онкологии, фармакологии, генетики, психического здоровья, курортологии и физиотерапии.

   У истоков томских научных и педагогических школ стояли видные ученые с мировыми именами: геологи: З.А.Обручев и М.А.Усов, математик И.М.Виноградов, химико-физик Н.Н.Семенов, медики Н.Н. Бурденко, А.Г.Савиных, Н.В.Вершинин, Д.Д.Яблоков, С.П.Карпов, физики В.Д.Кузнецов, А.А.Воробьев и многие другие.

   В Томской области реализуется научно-образовательная программа, которая объединила 636 законченных научно-исследовательских разработок по 18 разделам науки и техники. Программа включает в себя: 

- 90 законченных разработок по новым медицинским препаратам, новым типам медицинского оборудования, новым методикам и технологиям лечения;

- 73 разработки по ресурсосберегающим технологиям;

- 57 разработок новых моделей контрольно-измерительных и диагностических приборов в области радиотехники, энергетики, информационной техники;

- 50 разработок новых видов продукции, препаратов, технологий в области нефтехимии, нефтегазодобывающей промышленности;

- 38 законченных работ по технологии повышения плодородия почвы, увеличения урожайности сельскохозяйственных культур, обработки и переработки продукции сельского хозяйства;

- более 60 разработок новых технологий переработки лесопродукции, утилизации древесины, технологий рационального энергопотребления, новых типов нагревательных приборов и средств связи;

- около 100 законченных исследований по экологии, включающих технологии рационального природопользования, системы контроля очистки от загрязнений почвы, воды, воздушного бассейна региона;

- около 80 разработок по новым формам образовательных услуг, их программному обеспечению, новым типам специальностей и специализаций.

   Для проведения научных исследований и подготовки кадров в Томске создана уникальная материально-техническая база. Она включает в себя комплекс излучательных установок с широким диапазоном энергий, единственный за Уралом учебно-исследовательский ядерный реактор, циклотроны, микротроны, сильноточные ионные и электронные ускорители, современное криогенное оборудование.

   Широко известен старейший в азиатской части России Сибирский ботанический сад. Его растительные фонды насчитывают более 5,5 тысяч видов и сортов. Большой популярностью пользуются десятки научно-учебных музеев, в том числе палеонтологический, арехологии и этнографии, минералогический, анатомический, судебной медицины.

   Особое место в научно-образовательном комплексе Томской области занимает библиотека Томского государственного университета. В ее хранилищах около 4 миллионов томов, среди них - множество уникальных изданий и собраний сочинений.

   Исследования томских ученых вызывают интерес на международном рынке наукоемкой продукции. Они были представлены на российско-американской конференции в Вашингтоне (март 1993 г.) и выставке "СЕЕТЕХ-94" в Лондоне.

   В области работает фонд поддержки инновационной деятельности и предпринимательства "Сибинфонд".

   Осуществляются научно-образовательные проекты в рамках программы TACIS. Большую роль в стимулировании малого и наукоемкого бизнеса играет также томский "Технопарк" - один из первых технологических парков России.